一侧扁桃体疼连着头皮疼可能与扁桃体炎、咽炎、偏头痛等因素有关，可以使用药物的方式来进行治疗。

1、扁桃体炎：若患者的导体受到细菌、病毒等病原微生物感染时，可能会出现扁桃体炎的情况，由于炎症刺激咽喉黏膜出现扁桃体疼的症状，可以遵医嘱使用青霉素V钾片、阿莫西林胶囊等药物来治疗。

2、咽炎：若患者的咽喉部位由于长期吸烟、酗酒时，可能会受到感染，出现咽炎的情况，导致扁桃体疼，甚至连着头皮疼的症状，可以遵医嘱使用咽炎片、头孢克肟胶囊等药物来进行治疗。

3、偏头痛：患者由于过度紧张或者遗传因素，可能会造成偏头痛的症状，部分患者可能会连带扁桃体一起疼痛，可以遵医嘱使用头痛宁胶囊、佐米曲普坦片、盐酸氟桂利嗪胶囊等药物来治疗。

除上述相对常见原因外，还有其他可能性原因，如中耳炎。建议患者清淡饮食，忌食辛辣刺激性食物，以免加重病情。